医用空气消毒机的工作原理是室内空气经过进风口预过滤器滤除大颗粒和片状污染物。高压静电场产生电晕放电使空气电离，粉尘颗粒与负离子碰撞发生荷电效应(带负电)，在电场力的作用下向集尘板(阳极)运动，到达集尘板后，放出所带电子并沉积在集尘板上。同时空气中的细菌在高能正离子流的冲击和浸润作用下，细胞膜和细胞壁遭到破坏，细菌死亡。后置采用复合活性炭过滤器去除空气中的荷电尘埃粒子，吸附异味、臭氧及有毒有害气体。
医用空气消毒机的除菌过程可以简述为四个步骤：即电晕放电、细菌荷电、飘尘迁移、极板沉积。数据显示：医用空气消毒机对气雾室细菌杀灭率≥99.90%。
和家用消毒机一样，使用医用空气消毒机时一定要在无人的情况下进行。臭氧浓度低时，对眼，鼻，喉有刺激感觉；浓度达到1-15PPm时，会经常出现头痛和呼吸器官局部麻痹等症状。臭氧毒性还和接触时间有关，一般接触20PPm以下浓度不多达2小时，对人体无伤害。如经常出现感觉不舒适度时，可到户外吹吹风，呼吸一下新鲜空气。
不过，对于家庭来说，医院有专人负责机器的运转，而且也会组织全体医护人员学习消毒机的正确使用和注意事项，确保临床工作的有序进行。
而且在口腔治疗过程中，医患的近距离接触以及在治疗过程中不可避免地产生飞沫和气溶胶，对诊室内的空气进行有效地消毒，也是每个口腔诊所的防疫重点工作。
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